Kepala Sekolah yang pernah memimpin SMA St. Petrus Medan adalah sebagai berikut.:

1. Drs. Sarimin Ginting : Juli, Tahun 2000 – 2002 (2 thn)

2 Drs. Idup Sinulingga : Tahun 2002 - 2003 (1 thn)

3. Drs. Antonius Tumanggor : Tahun 2003 – 2004 (1 thn)

4. Halasan Sianturi S.Pd : Tahun 2004 – 2006 (2 thn)

5. Nurdin Surbakti S.Pd : Oktober tahun 2006 – 2009 (3 thn)

6. Drs. Liberty Pakpahan : November, Tahun 2009 – Juni, Tahun 2018 (9 thn)

7. Alapaet Rismawaty Manurung S.Pd : Juli, Tahun 2018 – Oktober 2021 (3 thn)

8. Mangantar Simbolon, S.Si. : November, Tahun 2021 - Sekarang ( . . . )

Pada masa awal didirikan SMU Santo Petrus Medan yang memiliki 2 (dua) kelas saja. Pada bulan Juni tahun 2003, SMU Santo Petrus Medan, Pertama kali menamatkan Siswa/i untuk jenjang SMU. Saat ini Tahun Pelajaran 2022/2023 jumlah  kelas sebanyak 9 rombel dengan Jumlah siswa 318 orang dengan Jurusan yang ada Jurusan IPA (Ilmu Pengetahuan Alam) dan IPS (Ilmu Pengetahuan Sosial).  Kurikulum yang digunakan saat ini adalah Kurikulum 2013 (K-13) sementara untuk TP. 2023/2024 akan diterapkan kurikulum merdeka untuk kelas X.